क्लोट्रिमाज़ोल कवकों को उनके रक्षात्मक आवरण बनाने से रोककर उन्हें नष्ट करता है।
क्लोट्रिमेजोल, फंगस के खिलाफ काम करता है जिसके तहत यह फंगस की कोशिका भित्ति की पारगम्यता को नुकसान पहुंचाता है और कोशिका के भीतर एंजाइमों की गतिविधि को रोकता है। यह विशेष रूप से कोशिका झिल्ली के उत्पादन के लिए आवश्यक एर्गोस्टेरोल और अन्य स्टेरोल के जैव संश्लेषण को रोकता है।
